马蹄寺石窟群创建于东晋十六国时期，是河西走廊规模较大，内容丰富，创建年代早，和延续时间长的重要石窟。因第九窟普光寺内有一马蹄印，相传为神马踩踏，故名马蹄寺。马蹄印迹现存于马蹄殿内，成为镇寺之宝。窟中保存有北凉、北魏、西魏、隋、唐、西夏、元、明各个时期的佛造像。马蹄寺在北凉时期，最早为汉传佛教寺院，后来逐渐成为藏传佛教寺院，属于藏传佛教格鲁派青海东科尔寺的属寺。寺院自建寺以来，香火就极为鼎盛，最盛时的僧众可达1000余人，而建国初期僧众也尚有50余人，足可见历史上马蹄寺的辉煌。一走进马蹄寺旅游区大门，首先见到的千佛洞。千佛洞是建于东晋十六国北凉时期，在元代的时候是藏传佛教寺院，现在则是汉传佛教寺院。千佛洞分为北段、南段和中段三个部分。