圣索非亚教堂是索菲亚第二古老的教堂，历史可追溯到公元6世纪。索菲亚城市的名字就是因为圣索菲亚教堂而得名的。在公元2世纪的时候，这里是一座罗马剧院，圣索菲亚教堂是在原有的几座教堂的基础上修建而成的。现在的主殿以及东侧两个塔楼都建于6世纪中拜占庭国王统治期间。教堂的地板上有复杂的早期基督教装饰，还有花朵和动物图案的马赛克，地底下和四周都是比教堂修建时期更早期的墓。这里需要另外付费前往观看。